BioMérieux, Oxford Nanopore, 전염병 진단 협약으로 새로운 지평을 열다

뉴욕 – 차세대 시퀀싱을 기반으로 하는 일상적인 임상 감염병 진단은 이 시장의 가장 큰 두 기업인 BioMérieux와 Oxford Nanopore Technologies(ONT)가 지난 주에 연구를 진행 중이라고 발표하면서 진정한 전환점에 가까워졌습니다. 함께 새로운 응용 프로그램을 탐색합니다.

코펜하겐에서 열리는 ECCMID(유럽 임상 미생물학 및 감염병 회의) 개막에 맞춰 체결된 비독점적 계약은 두 회사 모두 NGS 기반 감염병 진단에 대한 첫 번째 주요 진출이 될 것입니다. 옥스퍼드 나노포어(Oxford Nanopore)가 감염병 진단을 목표로 삼아 진단 자회사 설립을 발표한 지 1년 만이다.

BioMérieux의 부사장 겸 최고 의료 책임자인 Mark Miller는 ECCMID와의 인터뷰에서 BioMérieux와 같은 국제 체외 진단 회사는 "이 사업에 참여하여 시퀀싱을 무시할 수 없습니다"라고 말했습니다.

Miller는 파트너십이 일정에 따라 달라지는 세 가지 프로젝트로 시작된다고 말했습니다. 첫 번째 프로젝트는 ONT 시퀀서에서 생성된 데이터를 사용하여 BioMérieux의 Episeq 역학 해석 소프트웨어를 검증하는 회사와 함께 전염병 감시 및 발병 모니터링을 위한 것입니다. BioMérieux는 이미 이 주제에 대해 어느 정도 잘 알고 있습니다. 2014년에 BioMérieux는 Illumina와 협력하여 감시 및 임상 연구용 Illumina 시퀀싱 플랫폼과 함께 Episeq를 검증하고 공동 판매했습니다.

Miller는 이 프로젝트가 향후 12개월 내에 마무리될 수 있으며 두 회사가 성공적으로 협력할 수 있고 나노기공 서열 분석이 감염성 유기체를 식별하고 분류하는 데 적합하다는 것을 보여주는 초기 이정표가 될 것이라고 말했습니다.

중기 프로젝트에서 파트너는 결핵 약물 내성 테스트를 위한 시퀀싱 기반 플랫폼의 규제 제출을 임상적으로 검증하고 잠재적으로 준비할 계획입니다.

ONT는 이미 Quadram Institute Bioscience와 협력하여 개발된 신속한 약물 내성 결핵 프로파일링을 위한 워크플로우를 보유하고 있습니다. BioMérieux는 먼저 연구용으로 추가 개발을 돕다가 샘플 준비 구성 요소와 데이터 해석 및 보고를 추가하여 IVD용으로 개발한 다음 지원합니다. "IVD 경로를 따라가기 위해" 필요한 데이터와 문서를 생성합니다.

ONT의 임상 부사장인 Emma Stanton은 이메일을 통해 결핵과 관련하여 "기존 기술은 매우 느린 다중 약물 판독(배양) 또는 빠른 단일 약물 판독(PCR)을 제공합니다. 우리의 목표는 두 분야 모두에서 최고의 결과를 제공하는 것입니다. 이 TB-MDR 분석법을 사용하면 됩니다."

그녀는 PCR이 분석할 수 있는 병원체와 항균제 내성 지표의 수가 제한되어 있다고 지적했습니다. "예를 들어, 결핵에 대한 [Cepheid] Xpert MTB/RIF PCR 테스트는 하나의 항결핵제에 대한 내성과 관련된 하나의 유전자에서 100개 미만의 돌연변이를 검출할 수 있습니다"라고 그녀는 말했습니다. "나노포어 서열분석은 16개 항결핵제에 대한 내성과 관련된 24개 유전자에서 1,400개 이상의 돌연변이를 검출할 수 있습니다."

장기적으로 BioMérieux와 ONT는 일반적으로 멸균된 체액 샘플에서 박테리아의 존재를 확인하고 항생제 내성을 확인하는 테스트 개발을 모색할 것입니다. 여기에는 혈류 감염, 농양 또는 복막액, 흉막액, 윤활액 또는 뇌척수액과 같은 감염된 부위의 체액이 있는 환자가 포함될 수 있습니다. "시퀀싱 기반 ID 및 저항 결정이 필요한 모든 곳"이라고 Miller는 말했습니다. "이를 위해서는 표본 준비 측면에서 상당한 작업이 필요합니다... [그리고] 감도와 해석이 필요합니다. 시퀀싱 정보를 해석하려면 막대한 데이터 뱅크가 필요할 것입니다."

이번 파트너십은 분자 테스트의 표준인 PCR보다 훨씬 더 많은 진단 정보를 제공하기 위해 시퀀싱의 잠재력을 탐색하는 시장 추세를 반영하며, 이는 예 또는 아니오 이상의 대답이 필요한 항균제 내성 테스트와 같은 응용 분야에 특히 매력적입니다.

ONT의 Stanton은 "올해 ECCMID에서 내가 인터뷰한 많은 임상의들은 다양한 임상 영역에 걸쳐 나노기공 시퀀싱의 잠재적인 응용을 볼 수 있다"고 말했습니다. "그들은 임상 샘플에서 직접 미생물 병원체 및 관련 항균제 내성을 신속하고 정확하게 식별하는 것을 높이 평가합니다. … 다른 빠른 테스트(예: PCR)보다 더 포괄적인 정보를 제공하면서 몇 시간 만에 소수의 환자 샘플을 비용 효율적으로 테스트할 수 있는 능력은 언급된 모든 응용 프로그램에 공통적입니다."